首先，从设计理念上来说，EOS是专门为商业分布式应用设计的区块链操作系统。与以太坊对所有潜在的去中心化应用的包容和中立不同，EOS致力于为不同的应用提供更多同类型的通用功能，从而提高开发者的效率。在这种思想的影响下，EOS引入了基于角色的权限管理、用于接口开发的WEB工具包、自描述接口、自描述数据库系统以及声明式许可方案。

其次，是共识机制的不同。到目前为止，以太坊使用的是POW机制，同时也在努力向POS机制过渡；另一方面，EOS使用基于石墨烯框架的份额授权证书(DPOS)机制。这种机制不同于POW需要依靠“矿工”用他们的工作量来验证区块。它通过社区成员的选举产生“见证人”，然后将验证交易的责任转移给他们，从而减少节点数量，缩短交易处理时间。同时，EOS系统还包括一个基于股权权重投票的自治社区。

此外，关于区块链的可伸缩性，以太坊计划使用碎片化技术来提高其交易可伸缩性，而EOS从设计之初就计划通过开发多线程智能契约处理技术来解决可伸缩性问题。目前它的块结构已经提前定义好了，他们可以在后续的开发过程中不需要硬分叉就可以升级。